Điểm đáng chú ý tại dự thảo là quy định: Không tổ chức lớp không chuyên trong trường chuyên.
Theo Dự thảo, lớp học trong trường chuyên được tổ chức theo các môn học trong chương trình giáo dục phổ thông do Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo ban hành, bao gồm: Toán, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, Ngoại ngữ 1.
Mỗi lớp chuyên có không quá 35 học sinh. Trên cơ sở các điều kiện bảo đảm chất lượng và đề nghị của hiệu trưởng trường chuyên, cơ quan quản lý trực tiếp trường chuyên quyết định số môn chuyên và số lớp chuyên đối với từng môn chuyên.
Hệ thống trường chuyên bao gồm trường chuyên thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học. Mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có ít nhất 1 (một) trường chuyên...
Trên thực tế, hiện không ít các trường trung học phổ thông chuyên đang tổ chức các lớp dành cho học sinh không đủ điểm trúng tuyển vào các lớp chuyên với tên gọi khác nhau như: lớp cận chuyên, lớp chất lượng cao…