Trên địa bàn tỉnh đang duy trì 26 điểm quan trắc tài nguyên nước, gồm 23 điểm quan trắc tài nguyên nước dưới đất và 3 điểm quan trắc nước mặt đặt tại các huyện: Văn Lâm, Văn Giang, Yên Mỹ, Khoái Châu…, thị xã Mỹ Hào và thành phố Hưng Yên. Sở Tài nguyên và Môi trường duy trì quan trắc nước ngầm, nước mặt 1 lần/năm tại các điểm quan trắc tài nguyên nước, đồng thời định kỳ lấy mẫu quan trắc chất lượng nước mặt, nước dưới đất trong toàn tỉnh để xây dựng cơ sở dữ liệu và báo cáo các thông số về môi trường nước trên địa bàn.