Trước ảnh hưởng của các trào lưu văn hóa bên ngoài và một phần tác động tiêu cực trong quá trình chuyển đổi cơ chế thị trường trong những năm cuối thế kỷ 20, đầu thế kỷ 21, Trung tâm Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc đã được thành lập. Ngay từ những ngày đầu, trung tâm đã nhận được sự ủng hộ và tham gia nhiệt tình của các văn nghệ sĩ, học giả, nhà nghiên cứu có uy tín như nhà thơ Tố Hữu, nhà văn Nguyễn Đình Thi, nhà văn Sơn Tùng, NSND Đào Mộng Long, nhà viết kịch Học Phi, nhà nghiên cứu Mịch Quang, nhạc sĩ Trần Hoàn... Trung tâm nhanh chóng mở rộng phạm vi hoạt động trên tất cả các lĩnh vực nghiên cứu về văn hóa dân tộc, đã trở thành thành viên duy nhất về khoa học nhân văn thuộc Liên hiệp các hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, hội tụ đông đảo giới tri thức khoa học xã hội văn nghệ sĩ tâm huyết với văn hóa dân tộc. Cho đến thời điểm hiện tại, trung tâm có nhiều chi nhánh tại các tỉnh, thành phố ba miền đất nước cùng các trung tâm thành viên như Trung tâm Nghiên cứu bảo tồn và phát huy âm nhạc dân tộc, Trung tâm Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa ẩm thực dân tộc, Trung tâm văn hóa Quan họ truyền thống... và hàng chục câu lạc bộ văn học, nghệ thuật dân tộc như các câu lạc bộ thơ lục bát, câu lạc bộ ca trù,... với số lượng hội viên đã lên tới hàng trăm người.
Trong quá trình xây dựng và trưởng thành, để phù hợp với tình hình, Trung tâm Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc đã được đổi thành Viện Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc. Viện đã ghi được dấu ấn với nhiều hoạt động thiết thực, đóng góp vào sự nghiệp bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc của đất nước. Viện liên kết với các bộ, ban, ngành và một số tỉnh, thành phố để triển khai thực hiện các chương trình như nghiên cứu văn hóa các vùng miền, danh nhân văn hóa, lịch sử, phối hợp các nhà hát nghệ thuật truyền thống tổ chức nghiên cứu và bảo tồn những loại hình diễn xướng và sân khấu truyền thống, cùng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Cục Nghệ thuật biểu diễn thực hiện “Dự án sân khấu học đường” được Chính phủ phê duyệt. Đây là đề án bảo tồn văn hóa từ gốc, hằng năm đã triển khai đến các trường THPT ở một số tỉnh, thành phố vào các tháng hè, hướng dẫn học sinh tìm hiểu và tham gia học biểu diễn, hát múa, dàn dựng một số trích đoạn cổ của sân khấu tuồng, chèo, cải lương, múa rối nước, ca bài chòi. Qua đó, giúp học sinh thêm yêu quý nghệ thuật truyền thống dân tộc, lan tỏa tình yêu văn hóa dân tộc, từng bước tạo dựng lực lượng khán giả trẻ hiểu và yêu nghệ thuật của ông cha. Sau khi hoàn thành dự án, nhiều học sinh ở các địa phương có khả năng đã tiếp tục theo học tại các trường nghệ thuật chuyên nghiệp để trở thành những diễn viên, nhạc công.
Nhiều hội thảo khoa học do viện tổ chức đã thu hút đông các nhà nghiên cứu trong nước và quốc tế về các danh nhân văn hóa và lịch sử của dân tộc, trong đó có các hội thảo khoa học về Chủ tịch Hồ Chí Minh với văn hóa dân tộc, Hình tượng Bác Hồ trên sân khấu, 50 năm Đường Trường Sơn - Hồ Chí Minh huyền thoại, 100 năm tuồng Đào Tấn, 1000 năm Thăng Long Hà Nội cùng nhiều cuộc tọa đàm và các dự án nghiên cứu có giá trị học thuật cao về các loại hình nghệ thuật sân khấu dân tộc như: Tìm về cội nguồn quan họ. Diễn xướng nghệ thuật bài chòi, Phật giáo với nghệ thuật dân tộc, 100 năm hình thành và phát triển nghệ thuật cải lương... Bên cạnh đó, viện cũng tham gia thực hiện dự án xây dựng văn hóa giao thông, đưa văn hóa giao thông vào cộng đồng qua các phương tiện thông tin đại chúng các lĩnh vực văn hóa nghệ thuật, sáng tác và dàn dựng nhiều kịch bản, nhiều tiểu phẩm hài kịch, in hàng nghìn đĩa hình ca nhạc để phát trên truyền hình, tổ chức phát động thiếu nhi toàn quốc vẽ tranh về văn hóa giao thông... tuyên truyền sâu rộng văn hóa giao thông đến cộng đồng. Không chỉ nghiên cứu bảo tồn quảng bá nghệ thuật văn hóa dân tộc trong nước, các nhà nghiên cứu và các nghệ sĩ thành viên của viện đã được nhiều nước như Mỹ, Nhật Bản, Đức... mời sang giảng dạy và biểu diễn nghệ thuật truyền thống Việt Nam tại các trường đại học cùng nhiều hội thảo và sự kiện văn hóa nghệ thuật.
Với nhiều đóng góp trong công cuộc bảo tồn và phát huy văn hóa nghệ thuật dân tộc trong 20 năm qua, Viện đã được Đảng và Nhà nước trao tặng Huân chương Lao động hạng ba cùng nhiều Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và Liên hiệp các hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam. Kỷ niệm 20 năm thành lập cũng là dịp để Viện Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc có dịp nhìn lại chặng đường đã qua, thêm quyết tâm và nhiệt huyết, vượt khó, kiên trì với sự nghiệp kế thừa và phát huy văn hóa dân tộc trong giai đoạn mới, góp phần thực hiện thắng lợi các nghị quyết về văn hóa dân tộc của Đảng và Nhà nước.